ตามที่สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา มีโครงการจัดตั้งหน่วยบ่มเพาะธุรกิจในสถาบันอุดมศึกษา เพื่อที่ผลักดันงานวิจัยในเชิงพาณิชย์ความรู้และเพิ่มขีดความสามารถของผู้ประกอบการเดิมหรือผู้ประกอบการใหม่ให้มีศักยภาพมากขึ้น รวมทั้งผู้ที่สนใจเป็นเจ้าของธุรกิจรายใหม่ให้สามารถดำเนินธุรกิจได้สำเร็จโดยใช้วิธีการอบรมให้คำปรึกษาแนะนำอย่างต่อเนื่อง ทั้งทางด้านการตลาดการเงินและอื่นๆ

มหาวิทยาลัยนเรศวรซึ่งมีความพร้อมทั้งบุคลากร งานวิจัย และด้านวิชาการ ซึ่งให้บริการทั้ง 9 จังหวัดภาคเหนือตอนล่าง จะสามารถเป็นแหล่งสร้างผู้ประกอบการรุ่นใหม่ในเขตภาคเหนือตอนล่าง ในอนาคต ทั้งนี้มหาวิทยาลัยนเรศวรได้ร่วมมือกับ สกอ.ในการจัดตั้งสถานบ่มเพาะวิสาหกิจ เพื่อเป็นพี่เลี้ยงให้กับ ธุรกิจใหม่ และธุรกิจ SMEs อื่นๆที่มีความต้องการที่จะยกระดับสินค้าและบริการ การบริหารจัดการ

มหาวิทยาลัยนเรศวรจึงจัดตั้ง "ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ" เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 โดยเป็นหน่วยงานภายใต้กำกับสำนักงานอธิการบดี และได้รับการสนับสนุนจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เพื่อส่งเสริมพัฒนางานวิจัยในเชิงพาณิชย์กระตุ้นและส่งเสริมผู้ประกอบการรายใหม่ และผู้ประกอบการเดิมให้มีการพัฒนาศักยภาพและดำเนินธุรกิจได้อย่างประสบความสำเร็จ

ทั้งนี้อาศัยองค์ความรู้ของมหาวิทยาลัยนเรศวรที่เป็นแหล่งรวมความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีทรัพยากรบุคคลและความรู้ในการบริการจัดการธุรกิจที่มีศักยภาพในหลากหลายรูปแบบ โดยจะเป็นตัวกลางในการให้ความช่วยเหลือที่มีประสิทธิภาพ ทั้งการประสานงานกับภาคอุตสาหกรรม หอการค้าจังหวัด และหน่วยงานอื่นๆ

ต่อมาในวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2552 สภามหาวิทยาลัยนเรศวรได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "สถานบ่มเพาะวิสาหกิจ"[1]

ในปัจจุบัน สถานบ่มเพาะวิสาหกิจ มหาวิทยาลัยนเรศวรได้ให้บริการในการให้คำปรึกษาแนะนำทางด้านธุรกิจ จัดการฝึกอบรม สัมมนา และ จัดกิจกรรมสนับสนุนด้านการเงิน การตลาด เพื่อสร้างความเข้มแข็ง ทั้งทางภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติอย่างต่อเนื่อง รวมทั้งให้บริการสำนักงานให้เช่าในอาคารที่ตั้งของสถานบ่มเพาะวิสาหกิจ (ชั้น 6 อาคารวิศวกรรมเครื่องกล-อุตสาหการ คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร) อีกด้วย